EAP中的主要部分是向有问题的员工及其家庭成员免费提供专业的心理咨询服务。由专业的咨询心理学家提供的这种心理咨询服务能够把员工的各种心理和行为问题在它们对生活和工作产生严重影响之前得到有效地解决。

心理咨询是通过在一定的心理气氛下建立起来的人际关系，由咨询员运用心理学的知识和技术，帮助咨询对象发生某些改变、作出选择、解决自己的问题，从而来维护和增进他们的身心健康，促进个性发展和潜能开发的过程。

心理咨询的形式以谈话和讨论为主。但根据需要同时也配合进行心理测量和评定、教育和训练、以及对某些心理障碍的治疗等。

心理咨询的效果主要通过以下机制起作用：即宣泄疏导咨询对象的感情而缓解情绪压力；鼓励咨询对象倾诉内心的痛苦和积怨并进行针对性的指导，使之领悟问题的根源和实质；协助咨询对象改进认知结构，通过学习与训练来建立积极有效的适应方式；帮助咨询对象排除心理行为障碍，促进自然复愈与成长。

考虑到费用的限制和尽可能缩短等待的时间，在EAP中，通常采用短期咨询的形式。一般平均在3 到6 次之间。对那些具有较严重心理行为障碍的咨询对象，通过EAP，能够使组织和员工本人尽早地发现问题，并及时转介到相关的机构进行适当的处理或治疗。